乳糖不耐症的主要表现为一些胃肠道症状，有腹部紧张、肠鸣、腹痛、排气和腹泻等症状。如出现这些症状都是乳糖不耐受症的表现之一，但患有乳糖不耐的个体症状差异很大，而严重的乳糖不耐受多于摄入一定量乳糖后30min至数小时内发生。
乳糖不耐症对婴幼儿影响较大，并会同时伴有尿布疹、呕吐、生长发育迟缓等，成人有时伴恶心反应。不耐受症状的多少和严重程度与多种因素有关，如小肠内乳糖酶活性、摄入的乳糖量以及是否同时摄入其它类食品等。
如果宝宝患乳糖不耐受，可能会在喝母乳或吃其他乳制品（例如开始吃辅食后吃的奶酪或酸奶）之后30分钟至两小时之间出现腹泻、腹部痉挛、腹胀或放屁等现象。需要注意的是，宝宝在1岁之前不应该喝鲜牛奶。